1946年「臺灣省立臺南工業專科學校」改制為「臺灣省立工學院」,成立台灣省立工學院土木系(水利組為本系前身)
1955年 成立「水利工程學系」
1956年「臺灣省立工學院」改制為「臺灣省立成功大學」
1971年「臺灣省立成功大學」改制為「國立成功大學」
1972年 成立水利工程研究所碩士班
1975年 成立大學夜間部
1984年 改名為水利及海洋工程學系
1985年 成立水利及海洋工程研究所博士班
1997年 大學夜間部更名為進修學士班
2000年 成立碩士在職進修專班
2006年 進修學士班停止招生
2006年 成立海洋科技與事務研究所
2011年 海洋科技與事務研究所併入水利及海洋工程學系
2013年 設立自然災害減災及管理國際碩士學位學程
水利工程組
水利工程組之研究課題涵蓋水資源開發與經營管理、坡地災害治理與水土保持工程、水庫經營管理、地下水、河川整治與防洪工程、防災資訊系統、遙測及災害判釋、颱洪災害減災方法與技術、崩塌災害特論、地震災害特論、人為災害特論、災害體系與管理、地區防災計畫及災害風險評估與管理等。
海洋工程組
海洋工程組之研究課題涵蓋海岸與港灣工程、海洋工程、光纖感測及聲學、生態水力學、海上風力發電、波潮流發電、環境永續發展、海岸管理、海洋保護、海洋污染、海洋能源等。
海事研究所
海事研究所
網站：海洋科技與事務研究所
依據教育部來函指示，為配合「國家重大政策」之規劃，提出增設海洋科技與海洋事務整合相關研究所。海洋事務相關研究所的成立涉及領域甚廣，涵蓋海岸管理、航運政策、漁業政策、環境經濟及資源管理等，為跨學院整合之增設。本所獲教育部核准成立之初，主要由本校內部四個單位(工學院－水利及海洋工程學系、系統及船舶機電工程學系；管理學院、社科院－法律系)經過多次規劃及籌備，遂於95年8月1日正式成立本所—海洋科技與事務研究所。本所課程規劃，除了上述各系所合作之支援教師外，並以跨校合聘教師方案，充實海洋事務領域專業師資。
依據教育部來函指示，為配合「國家重大政策」之規劃，提出增設海洋科技與海洋事務整合相關研究所。海洋事務相關研究所的成立涉及領域甚廣，涵蓋海岸管理、航運政策、漁業政策、環境經濟及資源管理等，為跨學院整合之增設。本所獲教育部核准成立之初，主要由本校內部四個單位(工學院－水利及海洋工程學系、系統及船舶機電工程學系；管理學院、社科院－法律系)經過多次規劃及籌備，遂於95年8月1日正式成立本所—海洋科技與事務研究所。本所課程規劃，除了上述各系所合作之支援教師外，並以跨校合聘教師方案，充實海洋事務領域專業師資。
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