國立屏東農業專科學校養殖科，係於民國67年成立。在80年改制為國立屏東技術學院後更名為水產養殖技術系。86年8月學校升格為國立屏東科技大學更名為水產養殖系。後於90年奉准設立碩士班。於100年奉准設立博士班。
教學目標
配合國內、外水產養殖相關產業脈動、國家教育目標與政策、本校發展計畫及本所特色，培育學生具有社會道德倫理與專業素養、以學術理論傳授為基礎，致力於培育具備實務應用與技術開發能力之水產養殖 。
核心能力
1.具專業知識研究與管理能力。
2.具創新實務應用與技術開發等專業能力。
3.具獨立思考、知識整合分析及撰寫、表達溝通與協調能力。
4.具備外語能力與國際觀。
教學設備
水產養殖場 :
南台灣屬於亞熱帶地區，水產生物種類繁多，水產繁養殖產業發達且技術享譽全國，在水產生物資源日益枯竭，及水產養殖產業高用水量的矛盾衝突、活體經濟水產生物交易頻繁的情況下，本教學研究實習場(以下簡稱本場)之成立，具有以下重要教育目標”
1. 輔助水產養殖相關課程之教學與研究，培育學理及實務兼備人才
2. 利用水產養殖技術復育瀕臨絕種水產生物或大量培育種苗以供放流，藉由完善的保育措施，增加水產資源量或發展栽培漁業，達成水產資源的永續利用。
3. 發展精進循環水養殖技術，使產業發展與環境保護得以兼顧發展。
4. 配合收容水族外來物種，及基因轉殖水產生物，降低對本地水域生態衝擊。
本場作為學生教學及研究實習場，培育水產養殖學理及實務兼備，並具有環境保護與資源保育觀念之養殖人才，以因為未來更多元之產業發展需求。
本場目前區分有:養殖溫室、飼料教學實習廠及餌料生物區等，授權各負責老師管理。
1.共有室內池—24個水泥池、FRP桶（圓桶30個、方形桶18個）、水族箱30個。
2.共有室外池—33個水泥池、FRP桶（圓桶30個）
3.另有3個加蓋之水泥大池。
4.養殖場為提供本系師生上課或研究之場所，以本系教師優先借用。
水產養殖館 :
養殖館設有餌料生物、藻類、水質、魚病、遺傳及育種、魚類生態、魚類生理及飼料配製等教師個人實驗室及公用儀器室、視聽教室、圖書室等。
儀器設備方面：
全段式電子分析、天平分光光度計、紫外線檢查箱、綜合水質監測儀、多功能水質監測系統、淡水及 海水循環過濾裝置、蒸餾水製造機、廢水處理模具、濾水器、蒸餾水製造機、機械式循環過濾裝置、恆溫水槽、凍結乾燥器、冷藏庫、低溫培養箱、往覆式恆溫振盪水槽、高斯計、電氣冰櫃、標本切片機、自動組織包埋機、蛋白質/凱氏氮蒸汽餾裝置、冷凍離心機、遠心機、毒氣櫃、自動生化分析儀 、蛋白質/凱式氮消化裝置、臭氧殺菌機、曝氣機、解剖顯微鏡、顯微鏡照相裝置、降溫冷卻系統、六眼教學、生物顯微鏡、生化分析儀、ELISA reader、 顆粒成型機、滲透壓機、離子分析儀、冷凍切片機、超音波洗淨器。
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