本校民國七十七學年度創設海洋環境及工程學系，積極造就海洋工程規劃、設計與管理人才，為大學部屬通才教育，在專業知識及技術上有待進一步磨練。為培育充足的專門人才，延續大學部教育，從而發揮教育投資效益，故於民國八十二年，成立「碩士班」，民國八十九年成立「博士班」。
海洋環境及工程學系碩士班分為甲、乙、丙三組，此乃經參酌國內外資料及符合國內現況實際需要，所研擬出之三大重點研究方向，謹列如下：
組別
研究方向
甲組 (海洋及海岸工程）
指導老師：陳陽益，李忠潘，李賢華，陳邦富，田文敏，曾以帆，葉博弘，林俊宏，許弘莒，莊偉良
海浪與海流動力學、海岸大地工程、海岸工程力學、港灣工程、海岸地形變遷、人工島、海岸保全工法、海岸牧場、海埔地開發、海洋生態工程技術、海洋大地工程、工程地球物理、先進工程監檢測技術等。
乙組 (海洋環境保育）
指導老師：李宗霖，楊磊，于嘉順
海洋環境化學、污染傳輸模式與模擬、海洋放流技術、海洋及海岸汙染整治技術。
丙組 (海洋環境規劃管理及資訊）
指導老師：薛憲文，張揚祺 ，陸曉筠
海洋與環境法規、環境影響評估、海洋環境監測、海洋環境生態、海岸土地利用與遊憩地設施之規劃管理、電腦應用與地理資訊系統<GIS>等。
除上述重點研究方向外，由於海洋環境及工程有別於一般工程或科學，故本所特將海洋物理、海洋化學、海洋生物及海洋地質四大海洋基本學科列為必修科目，冀使學生一方面明暸海洋的基本現象，同時建立整體的海洋觀，而能於未來從事海洋環境及工程建設時，避免本位主義所造成之錯誤。
本所並安排四個「研究專題討論」課程，循序就海洋環境有關主題進行研究討論，同時邀請專家學者就討論主題發表演講，並由研究生發表讀書心得或論文研究成果，俾訓練學生發提問題、獨立思考與創作能力，從中熟習理論與實際的運用，並對將來就業或繼續深造的方向有所認知。
經此嚴謹而完整之學程訓練後，學生可以習得海洋及海岸地區相關建設規劃之工程技術和環境管理的知識。海工系招生網頁
甲、乙、丙各組老師資訊
甲組
陳陽益特聘教授-海岸工程研究室
許弘莒副教授－非線性波動力學實驗室
莊偉良助理教授－實驗流體動力學研究室
乙組
李宗霖特聘教授-海洋污染分析實驗室
丙組
陸曉筠副教授-海岸環境規劃與管理研究室
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