本系前身為海洋資源學系，大學部成立於民國七十二年，且為培育海洋科技之專門人才，深入訓練學生獨立研究之能力，以提供國家未來學術、產業及政府機構中相關行業之需求， 94學年度經教育部同意已更名為海洋生物科技暨資源學系。
(1)系所概況：
本系設有大學部、碩士班及博士班。本系是國內少數兼具探究海洋資源及海洋生物科技開發利用的科系，為本校發展特色之一。系上共有十三位專任教師，包括十名教授、一名副教授、三名助理教授。現今每年招收大學部學生43人。
(2)設立宗旨：
本系之設立，是要推動海洋生物科技發展及海洋資源開發之相關的學術研究，並培育相關產業所需之各級人才，以充份利用台灣四週海域之海洋生物、能源及礦產等資源，並可彌補天然資源之不足。
系上課程的安排上除了強化學生生物科技知能及對各種海洋資源及生態環境的認知外，並鼓勵學生親身實習，參與各種海洋相關的研究，實際了解各種不同的物理、化學、地質等環境因素對海洋生物生理及海洋生態環境的影響，並知悉其對海洋資源的衝擊及防治、復育之道。此外亦讓學生學習以海洋科學學理及生物技術方法來評估、開發、保育及管理海洋中的各項環境及資源，以期能對海洋資源的永續利用有所貢獻。
B.教育目標及發展方向：
本系教育目標在於建立學生基礎海洋科學學識，並培育海洋生物科技及海洋資源研發之專門人才，希望藉由專業學識的訓練及獨立研究能力的養成，強化學生在相關學術及產業的競爭力。
本系教學重點包括基礎海洋科學訓練、海洋生物科技訓練、資源開發與資源保育四方面：
（1）在基礎海洋科學的訓練上，加強基礎科學之教育、並提供相關海洋生物、物理、化學及地質相關課程，強化學生對海洋科學的認識，以引導學生將來有足夠的基礎進入專業之海洋生物科技、資源探尋及開發之領域。
（2）在海洋生物科技訓練方面，以海洋科學為基礎，配合現代生物科技之教學及訓練過程, 提供完整且具特色之專業生物科技訓練，培育具備立足海洋及發展生物科技素養之學生，增加從事研究、深造或服務生技相關產業之競爭力。
（3）在資源開發方面，除涵蓋海洋生物、化學、地質、物理等資源之基本教學，並加強海洋生產力研究與開發海洋天然藥物資源之教學，並配合生物技術、遺傳工程等研發方法，以增加產量並防止生物資源之過度開發，俾使開發與保育並重。
（4）在資源保育方面，重點在生物資源之保育，為培育學生了解各種環境因素（含污染源）對海洋生物之生理及海洋生態系的影響，並學習評估環境因素之變異對整體海洋資源的衝擊與防治方法，俾有助海洋各項資源之開發、保育及管理。
本系的發展重點包括分子細胞生物學、海洋生物神經生理與內分泌學、海洋牧場與養殖技術、海洋天然物與生物藥學、基礎生產力、生物海洋學、海洋生態與環境化學、海洋物理與地質資源等領域之教學研究。
本系大學部不分組，以基礎科學及海洋生物科技方面的教學來培養學生的學養為主軸。
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