Námskeiðslýsing:
Erfðamengjafræði og lífupplýsingafræði samþættast á margvíslega vegu. Erfðatækni opnaði möguleika á raðgreiningu erfðamengja, greiningum á tjáningar- og prótínmengjum. Með raðgreiningum á erfðamengjum þúsundum lífvera opnast möguleikar á að nýta upplýsingarnar til að öðlast þekkingu og skilning á líffræðilegum fyrirbærum. Samanburðaraðferð þróunarkenningar Darwins er fræðilegur grundvöllur fyrir greiningar á slíkum upplýsingum. Sameiginlegir eiginleikar varðveittir í mismunandi lífverum eiga sér grunn í varðveittum hlutum erfðamengja. Að sama skapi liggja rætur nýjunga í svipfari oft í hlutum erfðamengja sem eru mismunandi á milli tegunda. Það á jafnt við um eiginleika dýra, plantna, örvera og fruma, þroskunar og ensímkerfa.
Námskeiðið fjallar um hugmyndafræði og aðferðafræði til samanburðar, um greiningu erfðamengja einstakra lífvera (genomics), umhverfiserfðamengja (metagenomics) og tjáningarmengja (transcriptome) til að svara líffræðilegum, læknisfræðilegum og hagnýtum spurningum. Fyrirlestrar verða um, byggingu og raðgreiningu erfða-, tjáningar- og prótínmengja, sameindaþróun, ólíkar gerðir lífupplýsinga, gagnagrunna, skeljaforrit, inngang að python og R umhverfinu, keyrslu forrita og breytingar á þeim. Æfingar: Sækja gögn í gagnagrunna, Blast, samraðanir og pússlun mengja, samanburður erfðamengja tegunda og greining erfðabreytileika innan tegunda. Unnið verður með gagnagrunna, m.a. flybase, Genebank, ENSEMBL og E.coli. Gögn verða sótt með Biomart og Bioconductor, og fjallað um áreiðanleika gagna í gagnagrunnum. Kynnt verða algrímar er liggja til grundvallar leitar-forrita og forrit kynnt sem hægt er að keyra yfir vefinn, grunnatriði Python-forritunar, opinn hugbúnaður á UNIX/Linux, uppsetning hugbúnaðar af vefnum á eigin tölvum. Greining gagna úr RNA-seq, RADseq og heilraðgreiningum.
Nemendur vinna smærri og stærri verkefni og skila, og kynna munnlega niðurstöður úr stóra verkefninu. Í umræðufundum verða frumheimildir ræddar.
Prerequisites
- Æskileg undirstaða LÍF403G Þróunarfræði
- Æskileg undirstaða LÍF644M Sameindaerfðafræði
- Æskileg undirstaða LÍF623M Linux, helstu tól og tæki
- Námskeiðið er kennt á íslensku, nema þegar stúdentar af erlendu bergi eru einnig skráðir, þá er það kennt á ensku. Verklegi hlutinn í erfðamengjafræði og lífupplýsingafræði (LIF524G/LIF120F) er að talsverðu leyti sameiginlegur námskeiðinu LÍF526M (Verkfæri í lífupplýsingafræði). Þess vegna má ekki taka námskeiðin saman. Nemendur verða að velja annað hvort LIF526M eða LIF524G/LIF120F
Learning outcomes
Þekking og skilningur
- Nemendur skulu kunna skil á grunnatriðum þróunarfræði og stofnferðafræði sem er grunnur að samanburði á erfðamengjum og rannsóknum á starfsemi gena.
- Nemendur eiga að þekkja sögu raðgreiningar erfðamengis mannsins, erfðamengjafræðinnar og rætur hennar í erfðafræði.
- Nemendur skulu vita hvernig raðgreining erfðamengja fer fram, hvaða tækni sé algengust, styrk og vandkvæði algengustu aðferða.
- Nemendur eiga að hafa yfirsýn yfir eðli lífupplýsinga, úr raðgreiningum, tjáningarrannsóknum, prótínskimunum og öðrum líffræðilegum tilraunum.
- Nemendur skulu kannast við helstu gagnagrunna og skráargerðir, og hvernig nálgast megi upplýsingar og verkfæri á stærstu vefþjónunum.
- Nemendur eiga að þekkja til rannsóknaspurninga á sviði prótínmengjafræði, RNAmengjafræði og efnaskiptamengjafræði.
Hagnýt færni
- Nemendur eiga að geta lesið, rætt, gagnrýnt og endursagt greinar á sviði erfðamengjafræði.
- Nemendur skulu öðlast reynslu í að nota gagnagrunna, vinna með gagnasett og vefforit fyrir greiningu á erfðamengjagögnum.
- Nemendur skulu læra grunnatriði forritunar í Python/R, sem dæmi um forritunarmál til að vinna með lífupplýsingargagnasett, draga saman niðurstöður og prófa tilgátur.
- Nemendur skulu öðlast reynslu í að nýta erfðamengjaupplýsingar til að prófa tilgátur af öðrum sviðum líffræði og læknisfræði.
Files/Documents
ISCED Categories
