A partir de 1998 el CIBNOR crea el Programa de Estudios de Posgrado de Nivel Maestría. Este programa ofrece un sistema escolarizado-tutorial a través de la impartición de materias o cursos de posgrado básicos y optativos.

El Programa de Estudios de Posgrado de nivel Maestría del Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste, S.C., CIBNOR, se establece con el propósito de coadyuvar al esfuerzo nacional en la formación de recursos humanos para la investigación científica y el desarrollo tecnológico en sus áreas de especialidad. En forma particular, se persigue la formación de personal calificado para realizar tareas de investigación científica con un enfoque que comprende el conocimiento de problemas que afecten primordialmente el desarrollo de la región noroeste del país, la participación activa en su resolución y el mantenimiento de una estrecha vinculación con los sectores social, gubernamental y privado.

En la actualidad, el Programa de Maestría cuenta con las siguientes orientaciones: